Los árboles están formados por tres partes: la raíz, el tronco y la copa. Los dos primeros son los que diferencian, fundamentalmente, a un árbol de un arbusto. Los arbustos son más pequeños y no tienen un único tallo sino que están formados por varios. No obstante, ha de señalarse que algunas especies se pueden desarrollar como árboles pequeños o como arbustos, dependiendo de las circunstancias ambientales.
Las raíces fijan el árbol al suelo. Las raíces pueden tener una raíz principal, o bien, ser numerosas raíces en las que ninguna de ellas predomina, adoptando la forma de raíz ramificada fasciculada. Muchas raíces se combinan simbióticamente con micelios de hongos. Los hongos pueden conectar diferentes árboles y formar una red que transmite nutrientes y señales.141516 Las raíces aéreas son más raras dentro de los árboles, pero se dan en algunas especies que viven en entornos pantanosos, por ejemplo el mangle (Rhizophora).
El tronco es la estructura que sostiene la copa. Está formado por una capa exterior, la corteza, de espesor y color variables, que sirve para proteger el tejido vivo del árbol. El centro, más oscuro, es el duramen, formado por células leñosas muertas de xilema. La albura es la parte más joven de la madera y más cercana a la corteza. Entre la albura y la corteza hay una sola capa de células por la que el tronco está creciendo, llamada cambium; se divide a su vez en dos partes: la interior formará el xilema (albura y duramen) y la exterior forma la corteza interna (floema).